Такое может быть в том случае, если FBX выгружен с разными материалами на каждом объекте. Т.е. названия материалов одинаковые, но сами материалы разные. Ну и соответственно поэтому в максе они не группируются.
Особенно Navisworks страдает таким экспортом в FBX.