все юзерские настройки лежат в %LOCALAPPDATA%\Autodesk\....\Enu либо кто-то по ночам его чистит без вашего уведомления либо что скорее всего часть данных испортились из за ваших действий или неправильной работы софта и плаг, если убивать процесс при запуске или выключений макса тоже лотто.