Глюк с прозрачностью материала

мануал официальный почитайте и таких вопросов не будет в дальнейшем, он есть на оф сайте разработчика

Почитаю, конечно, но могли бы и подсказать, в чём именно дело...

Обычно с вопросом хотя бы скрины выкладывают. Про настройки уж молчу. Предположу, что не стоит галка Affect Shadows.

Вы рендерите коробку и с вашим стеклом скорее всего все в порядке,оно прозрачное. Но если галка Affect Shadows не стоит в рефракте, то ваше стекло не пропускает свет,а поскольку в коробке нет источников света вы видите черноту.