Элементарно же. Представьте, что верхнего слоя с проштамповкой нет. Выделите верхние полигоны, кроме обведенного, и сделайте экструд.
Можете потренироваться на поверхности слева, которая тёмная.
Это понятно. Но этот кубик образно для примера. Но бывает где такой вариант не работает и надо именно не трогая верхний слой сделать углубление на краю. Именно край дает все проблемы
Тогда давайте конкретный пример. Я думаю, там примерно та же история будет. Просто надо заранее продумывать, что будет вырез, и от этого отталкиваться, а не выдумывать рецепт на ходу.
Булеан, кстати, тоже норм выход во многих ситуациях. Не знаю, за что его не любят.