galaxy7 вы видимо максовским булином никогда не пользовались и это вполне ожидаемый результат после максовского булина и нет тут никакого "программного сбоя") создание "нового проекта" ничего не изменит
Meshfusion уже предложили, и если сетка не имеет значения это действительно отличный вариант для вашей модели, тем более в modo 10 он встроен и упрощен.
Ребят всем спасибо большое, разобрался со своей проблемой, кто тоже натолкнется, советую все таки использовать другую прогу хотя бы для данной цели, особенно если вычитаний с фасками надо сделать много.
iolanta989, спасибо огромное, скорее всего именно там и буду делать такое.
Вот что в итоге получилось в данном проекте силами макса