Правый щелчок мыши на значке и жмите Delete Button.
Еще способ - закидываете Prune Scene в окно 3d Max-а, открывается окно установки скрипта, жмете Next.
Далее в области Setup options выбираете Remove и жмете Next.
Но я не пойму, зачем его удалять? Просто не пользуйтесь им и все. Мне лично он порой сильно помогает.
Да и сам автор скрипта вроде предупреждал о том, что надо сохранять сцену перед его применением.