Как выровнять точки?

а как? если у меня плоскость, по которой надо выровнять, не лежит ни на одной из осей

как вариант

https://monosnap.com/file/YmC3jWCKBvSU6a8Qugr1jXggZu4Z6r 

спасибо, но как то не очень понятно...

Инструменты ретопологии использовать?

В нормальных пакетах это делается намного проще

есть принципиальный момент: если вертексы трогать нельзя, то хоть удаляй полик, капхоль, бриджуй и т.п. — всё равно придётся делить новый квад на трианглы по диагонали излома и добавлять им по новому вертексу, если необходимо

если важна в первую очередь грань — выравнять её можно по любой плоскости, как в видео выше, или мувом вертексов с привязкой к другим компонентам в ортографии, или ещё проще, выбрав локальные координаты для компонентов — с этим по-своему справится любой пакет

* а вот с ретопологией далеко не все

пффф... Как и в любом другом. 

Ну это да, но если прибавить время установки 23 макса, то может и нет :-)