По-моему лучше воспользоваться "Операции над объемными элементами"
Выбираешь сначала стены "Получить целевые элементы". Потом выбираешь крышу "Получить элементы оператора". И нажимаешь "Вычитание с выталкиванием вверх".
Тогда стены не будут менять свою подрезку при изменении высоты крыши.