Напрямую связано с перерисовкой контролов в модифай панели. Вероятно, чем контролов больше (эдитабл поли), тем хуже. Какого-то чёрта модифай всегда перерисовывается 2 раза.
Можно конечно переключаться на Create, но я себе давно завел специфический костыль решающий эту проблему.
Решающий примитивно, но эффективно - сразу после клонирования скрипт отключает модифай панель (это будет заметно), а при отпускании мыши и завершении клонирования снова её включает. Таким образом перерисовка панели будет происходить только 1 раз после клонирования, а не 2 раза, как обычно. Использую так давно, что уже забыл как было без него, косяков не замечено.
Скрипт нужно кинуть в автостарт.
C:\Users\User\AppData\Local\Autodesk\3dsMax\**** - 64bit\ENU\scripts\startup
https://pastebin.com/f7mEhpJG