Если вы нажимаете file - New, то материалы остаются в сцене, удаляется только геометрия.
New clears the contents of the current scene without changing system settings (viewport configuration, snap settings, Material Editor, background image, and so on).
Если вы нажимете File - reset, то открывается сцена по умолчанию, которая находится в папке проекта - scenes - maxstart.max. В ней может быть сохранено все что угодно. И маты и геометрия.
Reset clears all data and resets 3ds Max settings (viewport configuration, snap settings, Material Editor, background image, and so on). Resetting restores the startup defaults, saved in the filemaxstart.max, and removes any customization you might have done during the current session.
Цитата dzoba:
если нажать Get all scene materials, вылазит куча материалов, которые в проекте не используются
Объекты могут быть скрыты, заморожены, xref, так же могут использоваться карты в настройках и т.п.
Удаление материала из мат эдитора не удаляет его из сцены, мат присвоен чему либо, а не матэдитору.