Можно попробовать такой алгоритм:
1. Выделяете "берега" - бридж с ребром посередине.
2. Это ребро по всей длине просто опускаете вниз на глубину дна.
3. Турбосмусс.
4. Возможно, понадобится пофиксить точки после бриджа по всей длине "русла".
https://yadi.sk/d/IQFcxiFupzCwc
у меня вышло на простеньком примере. У вас сложнее, но чем черт не шутит. По ссылке мой файл.
А вопще, по хорошему, не надо было там вырез делать. Просто надо было прям на сеточке нарезать ребер четко по руслу реки, и потом их чемфер и екструд вниз. Ну а если хотите чтоб и рельеф спустился к речке - то просто выделяете ребро дна + софт селекшон - и вперед, тяните хоть всю землю в тартарары.
