Пока гуру спят, пробуй стандартные способы, а именно: создавай новую сцену, закидывай в нее для начала всю сцену, обязательно с параметром merge.
Если проблема останется, то с помощью копитора скидывай в чистую сцену сначала архитектуру(пол, стены, потолок), потом объекты или группы объектов, что бы понять какой именно объект создает проблемы. Попробуй освещение заново создать.
В принципе такое может быть если или материал, или источник света, или hdri, сильно пересвечены(к примеру завышен Output), то есть один маленький объект может раскидывать на всю сцену эти пятна.
Не уверен что поможет, но есть шанс! =-)