Так вы же сами на свой вопрос ответили :D Убрали штору - ниче не изменилось, убрали стекло - пятна пропали. Соответственно проблема в стекле. Скорее всего либо геометрия стекла косячная, либо источник света, который из-за окна светит в него влез.
На ситуацию не повлияет, но у стекла Fresnel отражения должны быть.