Пропали некоторые вершины, в чем проблема?

Иногда такое бывает когда тапаешь кнопочку Шоу енд ризалт. Но тогда все точки исчезают, тут неясно. Поклацай ее пока.

Скорее всего полигоны, либо вершины ранее скрывались.

В свитке edit geometry щелкните Unhide all. Выделение подобъекта vertex должно быть активным (у вас на скрине обведено)