Тоесть вы хотите материалы созданные в вирее 3.60.03 открыт в вирее 2.40 и ждете что не будет проблем? Конечно они будут. Вирей изменился, шейдеры вирея изменились, у материалов появилась куча новых свойств, которых не было в 2.40.
Что такого сложного в этих материалах, что вы не можете просто заново создать их в вирее 2.40? Это было бы самым правильным и безглючным решением.
Но если все же хотите поморочить себе голову, и думаете что виной всему глюки, оставленные от других версий макса, могу посоветовать экспорт через fbx. FBX оставит только геометрию и материалы. Если и после этого глюки останутся, значит проблема только в материалах, и их нужно создать заново.