Если поставили симуляцию на сложных настройках, то остановить её будет почти невозможно - лучше убить процесс и начать всё заново. Но есть способ, который иногда срабатывает. Как только MD раздуплится не несколько доли секунд (обычно, он висит между кадрами, как будто заглючил, но симуляция на самом деле идёт), нужно успеть один раз нажать на кнопку паузы. Потом подождать пока досимулится еще один кадр и симуляция должна отключится. Чтобы вот так не шаманить, лучше первую симуляцию на сложных настройках ставить всего на несколько кадров (3-10). Эти несколько кадров вы уж точно дождётесь
ссылка на исходник