недавно столкнулись с подобной проблемой. на 3дцентре нашли решение. у нас простая сцена в 80 метров сохранялась минут по 15. для решения. открываете сцену и запускаете этот скрипт. он чистит что-то типа track statistic или еще че-то я не помню и откуда берется не знаю.
есть еще другая проблема - необоснованно большой вес сцены, что видимо у вас тоже приключилось. проблема в реакторе, хранящем коллизии. решение: в вашей сцене идете в utilities - reactor - collisions - там жмете кнопку CLEAR. все. и время от времени проверяйте, тк эти лишние мегабайты вашей сцены мержатся с объектами для которых реактор хранит коллизии.
http://narod.ru/disk/23510632000/skripty.rar.html
скрипт выложен на народе
