Выхода и нет, STL - это как растровое изображение, выдавленно вверх, каждый пиксель на свою высоту (это грубо), и когда вы разрешение сетки для выдавливания ставите такое низкое, оно и выдавливается ступенками.
Я может и костылями пользовался, но делал подрезку по сплайнам, отдельными проходами.