Я могу ошибаться, но мне кажется вы не до конца понимаете как работает 3д геометрия в данном контексте. Все полигоны связаны друг с другом, если не напрямую то по цепочке от других. Из этого следует что изменяя позиции вертексов одного полигона, вы изменяете позиции вертексов его соседей.
Сделав планарным один полик, вы портите всех его соседей. Сделав планарным соседа, вы портите тот первый. И этот замкнутый круг можно продолжать до бесконечности :)
Скрипт работает по выделенным поликам. Выделяете все, делаете 3-4 итерации и запускаете. Он не сделает все полики планарными, потому что вероятно это невозможно геометрически. Но он приблизит их к этому состоянию