а если все сварены и не пересекаются,что еще это может быть?
Могут не лежать в одной плоскости, но тогда обычно Extude происходит не перпендикуляру. Вообщем выделяешь все вертексы и жмешь на Weld в режиме Editable spline, справа порог который нужно изменить на такой чтобы сварились только самые ближние вершины, поэкспериментируй.