Да тут "жара" пошла, как посмотрю ) Позвольте уж и мои "3 копейки" )
Начнем с того, что экструд и бевел работают нормально в е-поли, и покрайней мере в этом плане глюков с ними и с самим максом (2015-2017) лично у себя я еще ни разу не замечал при работе с любой, даже самой "мифической" геометрией. А ее я уж повидал не мало ) Абсолютно во всех случаях каких либо проблем с топологией, причина только одна - не правильно построенная топология. И данный пример не исключение.
Начнем с того что уже вы "выдавили":

В данном случае к чему например эти вертексы? Но если уже так вышло, поправить все и вся можно всегда. И в данном случае более\менее лояльно (и если нет борьбы за полигоны) сетка должна выглядеть как то так (молчу пока про нехватающие ребра на дуге )):

И пожалуйста, экструдьте по полигонам:

А вот бевел по полигонам у вас использовать уже в этом случае не получится. Только бевел по группе. А почему? А потому, что у вас "плоскость" уже не один полигон а несколько (из за лишних вертексов, которые были внизу, и кстати они не единстенные). Соответственно и бевелиться будет каждый, если выбрать массово и по "полигонам" а не "группой".

Теперь если говорить о "косяках" с геометрией в этом случае:

И даже если наплевать на те что "плевать" (хотя это и не этично), другое должно иметь место быть. И в общем итоге "этичность" должна выглядеть как то так:

Но даже в этом случае глобально бевелить не получится, так как не все "плоскости" имеют один цельный полигон

И как по мне, лучше сразу обрисовывать "сплайновую болванку" полигонами. Так можно избежать многих ошибок. А в этом вашем случае совсем ведь все просто:

Обрисовали полигонами (нормали смотрят внутрь), Mirror - Y (Offset как надо или угодно или можно вручную подвинуть), Convert to Editable Poly, Bridge по Border и у вас все как положено. Ну а дальше экструдьте, бевельте. Где по полигонам, где по группам. Если же нет твердого представления о топологии, посмотрите уроки, как можно а как нельзя. И кстати в вашем примере этот г-образный, угловой полигон один числа "вредных" ))
P.S. Результат:

Нормальная топология