Попробуйте ещё выйти из панели иерархии, выделить всё (Ctrl+A), а затем с зажатым Alt'ом снять рамкой выделение с Ваших объектов, которые Вы точно знаете, что использовали. И смело нажмите Delete, если в сцене ещё остались выделенные, но невидимые объекты.
Или, наоборот, выделите рамкой свои объекты аккуратно, а потом - Ctrl+I (инвертирование выделения) и Delete.
Возможно, у Вас в сцене какие-то призрачные объекты висят, типа костей, даммиков, следов волосни или других хелперов.
Они тоже умеют замечательно глючить сцену.
Смысл в том, чтобы оставить лишь геометрию, свет и камеру, а весь остальной мусор удалить.
И Prune Scene установите - тоже может хорошо помочь.