Что за зверь Milkshape, не знаю, но при экспорте посмотрите:
а) единицы измерения.
б) оси координат, есть софт где Z вверх, а есть где Y вверх.
Возможно поможет. Ну и экспортируете чем FBX? Если им, то у него там полно версий, начиная с 2006. Я анимацию в unity/unreal на ура экспортирую в формате 2012 года.
