Нумерация скопированных объектов. Как убрать?

Клонировать каждый раз по одной копии и уникальное имя вручную присваивать (оно там синеньким мелькает в окошке клона - его можно изменить ).

Или чего Вы хотите добиться?

Тогда родителя называйте "Родитель_001" - и все остальные клоны у Вас будут "Родитель_002 и Родитель_00N.. etc"

Или я не понимаю, в чём Ваша проблема?

На скриншоте 5 родителей, от них копирую ещё 5, но они не сохраняют нумерацию прошлых и к ним дописываются 001 и тд

Ну так переименуйте ёлку1 в ёлку001, и остальные четыре так же.

Делов-то..

Дело в том что мне нужно более 500-1000 таких копий, а по форме их искать не очень удобно и быстро.

если нужно их 1000, то нумерация начнется с 0001! и дальше как вам тут уже написали.

п.с. а нет, после 0001 макс ставит 002 а не 0002. фиг знает тогда как быть с 1000

Можно использовать вот эту утилиту

Галка не стоит

Выделяем одну копию и в меню Edit выбираем пункт Select Similar.

Такой вариант поиска-выделения подходит для вас?