У меня иногда попадаются объекты которые видно через Scene Explorer но не видно через Layer Explorer. Выделяю объекты в Scene Explorer, жму правой кнопкой по ним и выбираю Create New Layer. И тут они появляются в новом слое уже и в Layer Explorer, как то так. Скрипт делает тащем то тоже самое по идее...
