Проблема после экструдирования

Оно не возникает, оно там живёт. Просто пока полик ровный, его не видно, но как только Вы сгибаете полигон по этому ребру, становится видно. Вопрос-то в чем?

Чуть выше все гладко, а снизу нет

У Вас вершины две верхних смещены по оси Х - поэтому полигоны перестали лежать в одной плоскости и появился этот излом.

Или выровняйте эти вершины по другим, или разрежьте полигоны Cut'ом поперечными рёбрами, если Вам нужно смещение этих вершин:

назначьте этому полику группу сглаживания и все станет гладко

любой полигон более 3 вершин бьется на треугольники. Если это четырехугольный полигон, то есть два варианта разбиения на трисы. При определенном освещении это заметно. Верхний полик делится на трисы по другойдиагонали

Спасибо