Возможно несколько вариантов назначения Multi/Sub-Object. Например, один Multi/Sub-Object на все объекты. Тогда при нажатии кнопки Get all Scene Materials в редакторе материалов ничего не измениться. Материал-то один.
Возможен второй вариант. Когда несколько одинаковых Multi/Sub-Object наложены на разные объекты. Если они одинаковые, то и не нужно несколько Multi/Sub-Object. От такого варианта избавляйтесь.
Тетий вариант, когда исходные материалы в разных наборах входят в разные Multi/Sub-Object. Такое вполне может быть. Например, материал стекла входит в разные объекты сцены. При нажатии на кнопку Get all Scene Materials будет переплетение связей, наложение друг на друга материалов. Выделите всё и нажмите кнопку C или L(выравнивание всех нод по вертикали или по горизонтали в зависимости от состояния кнопки Lay Out All). Всё упорядочиться. А дальше по своему усмотрению разведите материалы в окне просмотра редактора материалов.
А, ну, да. И самый распространённый вариант - это когда разным объектам назначены разные Multi/Sub-Object с непересекающимися материалами. Даже если эти материалы по сути одинаковы, как, например, ниже материал с красным цветом одинаков по настройкам и для среднего и для нижнего Multi/Sub-Object, но это разные матриалы и настраивать их можно поотдельности.