Потому как при вставке модели появляется табличка, где Вы должны выбрать, что сделать с новым материалом. Вы и выбираете замену материла в матэдиторе на материал с новой модели. Давайте уникальные имена материалам.
Видимо у них названия одинаковые. Как сказано выше нужно давать уникальные имена при вставке или нажимать на кнопку в табличке Auto-Rename Merged Material
