Безусловно модификаторы дают больше возможностей, но расплачиваться за это приходится зависимостью от плагина/mcg. Так просто уже такую сцену не передашь и на ферме не отрендеришь. С более менее популярным плагином еще скорее всего не будет проблем, а вот что касается mcg большой большой вопрос. Скрипты в этом смысле дают больше свободы.
Но.
Можно добавить кнопку, которая бы конвертировала результат работы модификатора в edit_poly модификатор.
Хоть это и не так просто реализовать, но зато после этого можно смело удалять/отключать исходный модификатор и сохранять/передавать сцену. Все внесенные изменения сохранены в edit_poly модификаторе и отсутствие модификатора уже не проблема.