Да, скорее всего нумерация вершин в разном порядке идет у сплайнов; можно попробовать выделить один соединяемый сплайн и нажать кнопку reverse - первая точка станет последней и т.д.
а вручную очень просто соединить, привязку к end point поставить и точки легко соединяются
Удачи!