удаление точки

просто удалить не получится - придётся вручную править направляющие оставшихся точек( нужно чтобы они были Besier corner)

собственно чем вам эти точки мешают?

лучше сделать копию сплайна и оставить его как референс, потом руками через кнопку delete удалить эти вершины, и потом восстановить форму по референсу перемещая направляющие ближайших вершин.