cntrl+A, сохранить выделенное и все. Вы получите сцену без всякого лишнего г. Неудаляемое обычно не выделяется, т.к. это обычно или объект xref или невидимый объект о котором макс забыл и он просто жрет невидимо вес файла или еще чтонибудь в том же духе. Вариантов масса )
(Ваш файл открывать боюсь малоли там тоже неудаляемые объекты которые будут теперьвисеть и в моем максе ) Но в целом проблема не критичная у вас.