Lika505, именно так и делать. Либо собирать сцену заново. Попробуй отрендерить в сермате, может материалы глючные. Если долго открывает, то (исключая проблемы с железом) виновата какая-то кривая геометрия.
vladmin, такой же совет. Рендер в сермате, поочередное выключение объектов, мердж в новую сцену.