Исхожу из того, что основной элемент менять нельзя.
При сшивании нужно каждый раз выбирать главный элемент, чтобы к нему пришился один из мелких.
Сшивание нескольких элементов в анврапе невозможно, только двух за раз. Я знаю только два скрипта где реализовано сшивание множества элементов: мой UV Tools 3 и Polyunwrapper.
После этого нужно как-то выделить полигоны изначального большого элемента и можно их заморозить перед релаксом (правый клик в редакторе и Freeze). В случае со скриптами выделение полигонов не сбрасывается и там проще.
Но если вы сперва сшиваете, а потом релаксите, то как быть с границей между большим и маленькими элементами? Она же зафризена и не будет зарелаксена. Возможно будет правильней сперва релакснуть маленькие элементы, а уже потом их просто пришить.