выделение полигонов

сплайн проверяйте сколько вершин, в эдит поли можно выделить мышкой сразу несколько вертексов(не кликами) и в моидфикатоер смотрите сколько вершин выделилось, если больше двух то сразу поймете что там двойные вершины поэтому и не работает коннект

Вариантов миллион. Если хочется возится с такой формой созданной именно с ректангло екструдов, то смотри где какой полигон на каком лёг, смотри сколько там всего полигонов, точек на вершинах выделяя все или нажми 7, колапсь точки, удаляй рёбра и тд и тп. Ну это если скучно и хочется повозится. А если нет, то создай бокс, верху с низом сделай инсет и потом бридж.

Первый раз вижу человека, который пользуется ВьюКубом )

Не в этом дело. Особенность данного меша такова, что макс сам достраивает этот едж. Причем он есть, но работать с ним невозможно. Такой же едж макс создаст, если внутренний прямоугольник вырезать булинем. Здесь не верна сама логика построения. 

Совершенно согласен  с коллегой. Вот так по шагам.

1. Бокс.

2. Инсет верхнему и нижнему полику.

3. Бридж центральным поликам.

Есть и другой вариант. Можно удалить обе половинки "сломавшегося" полигона, затем использовать кэп на образовавшемся бордере. Вновь созданный полигон будет нормальным.