Mx_, чтобы этого не происходоило надо при импорте иксрефа, удалять контроллеры трансформов, тогда все будет ок. Т.е. иксреф будет тянуться всегда в нуле, и брать трансформ уже в самой сцене.
http://joxi.ru/Dr8EqK3s10Wlm6 - вот этот тип контроллера надо убить после иморта, выделить и удалить. Но всегда при необходимости можно вернуть, так же как и материалы.
В последний раз у меня были проблемы при рендере на платной даленной ферме, хотя все пути были пробиты, все мапсы по тем же путям находятся, но иксрефы почему-то нет, хз. Надо будет проверить еще, может что-то сглючило просто один раз.