Начните делать Extrude и все эти глюки уйдут. Или сместите плейн с чертежём чуть ниже, если смущает.
По умолчанию, если начали рисовать из проекции Top - объект проецируется на высоту 0. Естественно, все другие объекты тоже наслаиваются на него с теми же координатами 0,0 по высоте.
Почему чуть? Опустите на пару метров. Вы же все равно работаете с чертежом в проекции вид сверху, поэтому вообще говоря без разницы на какой высоте чертеж, хоть минус 2 км.
ЗЫ Лично я просто забиваю на эти артефакты. Они иногда возникают, когда например плоскость плитки и плоскость затирки близко расположены. Но поскольку на рендер это не влияет приблизительно никак, то пофик...