Добрый день, я в анимации не спец, но раз никто не вызвался помочь - я попробую вставить свои 5 копеек)
Что за софт? Я кроме макса просто ни в чем не работаю)
Ну а по делу:
1 - я бы сделал Reset xForm (в максе, не знаю есть ли такое в иных софтах) что бы обнулить все мета-данные объекта
2 - если проблема не решиться, то я бы тогда сделал привязку бровей к кости какой-то на голове. Если работаете в максе, то смогу подсказать как это сделать