Цитата CSovenock:
при нажатии affect pivot only..
.. попробуйте нажать F12, нажать значок Scale'a - и выставить все эти значения по нолям:

Эти же ноли выставьте и для Rotate, не закрывая это F12-мини-окошко с числовыми значениями.
Т.е. Вы пивот приведёте в его изначальный вид (если Reset не работает.
Потом уже руками его переместите, куда надо, или выровняете по центру объекта, или как надо.