Ну в принципе вы идете в правильном направлении.
Какие я вижу варианты:
1- вирус. 4) Сцену чистил, прогонял через скрипт - не помогло
Чем числили, можно подробнее?
2 - проблема в вашем железе или софте. Попробуйте отрендерить вашу сцену на другом компе.
3 - Кривая/глючная модель или материал.
Либо копать в сторону какой то глюкнутой модели, но не представляю как выявить ее среди десятков других.
Для начала рендерите в сермате. Если все ок, то проблема может быть в материале.
Если не помогло, ищете глючную модель. Скрываете половину моделей, рендерите. Если все ок, рендерите вторую половину. Ту часть которая глюкнула снова делите пополам. да, трудоемко, но что делать? Глючный материал ищете аналогично.