Blender искажает полигоны при масштабировании
может, я не совсем понимаю, что вы хотите сделать, но думаю так:
1) это артефакты сглаживания. Нажмите правой кнопкой в object режиме на этом кубике и выберите shade flat (или shade auto smooth можно попробовать). Ну или добавьте поддерживающих ребер и subdivide модификатор. У вас слишком мало геометрии, чтобы она сглаживалась корректно
2) подозреваю, что проблема в том, что у вас ребра масштабируются относительно индивидуальных осей координат (пивотов). Это вот такие два кружочка справа от надписи global вверху. Выберите, например, median point и попробуйте смаштабировать еще раз.
Это всё предположения, могу ошибаться
